Abstract
Late blight of potato, caused by Phytophthora infestans , is a major constraint to potato production. Early detection, coupled with a knowledge of the genotype, can ensure the timely implementation of optimal disease management strategies. In this study, we developed a new loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay designed to amplify the ypt1 gene for P. infestans which can readily distinguish P. infestans from other potato oomycetes pathogens such as P. erythroseptica, and Pythium ultimum within 10 min on a Genie II or III platform. Six other published LAMP assays were compared with our assay on a Genie II using the same concentration of primers used in the original published assays. On the Genie platform, our assay was more reliable than other assays based on specificity and sensitivity. Our assay did not detect P. mirabilis or P. phaseoli . The lower limit of detection of our assay was determined to be 0.001 ng using DNA from pure cultures and 0.05 ng using DNA from infected leaves. LAMP and quick DNA extraction technology, coupled with a portable platform such as the Genie II or III, enable the rapid on-site detection of P. infestans .
El tizón tardío de la papa, causado por Phytophthora infestans , es una limitación importante para la producción de papa. La detección temprana, junto con el conocimiento del genotipo, puede garantizar la implementación oportuna de estrategias óptimas de manejo de la enfermedad. En este estudio, desarrollamos un nuevo ensayo de amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP) diseñado para amplificar el gen ypt1 para P. infestans , que puede distinguir fácilmente P. infestans de otros patógenos oomicetos de papa como P. erythroseptica y Pythium ultimum en 10 minutos en una plataforma Genie II o III. Se compararon otros seis ensayos LAMP publicados con nuestro ensayo en un Genie II utilizando la misma concentración de iniciadores utilizada en los ensayos publicados originalmente. En la plataforma Genie, nuestro ensayo fue más confiable que otros ensayos en función de la especificidad y la sensibilidad. Nuestro ensayo no detectó P. mirabilis ni P. phaseoli . Se determinó que el límite inferior de detección de nuestro ensayo fue de 0,001 ng utilizando ADN de cultivos puros y de 0,05 ng utilizando ADN de hojas infectadas. LAMP y la tecnología de extracción rápida de ADN, junto con una plataforma portátil como el Genie II o III, permiten la detección rápida in situ de P. infestans .